Ieder biologisch bedrijf wordt gecontroleerd door Skal, in opdracht van de overheid. Stichting EKO ziet er bovendien op toe dat het bedrijf zich aan de EKO-eisen houdt.
EKO-producenten moeten behalve biologisch gecertificeerd zijn, ook aanvullende inspanningen verrichten op het gebied van duurzaamheid. Deze communiceren zij via hun online bedrijfsprofiel op www.eko-keurmerk.nl.
Ook Horeca en winkels
Naast boeren en handelsbedrijven, kunnen ook horeca en winkels zich aansluiten bij EKO. Horecabedrijven komen in aanmerking voor het keurmerk als zij 80-100% biologisch inkopen (Goud), 50-80% (Zilver), of 15-50% (Brons). Daarnaast is er een uitgebreide toets op duurzaamheid in de bedrijfsvoering, variërend van de inzet van groene energie, tot beperking van voedselverspilling. Winkels komen in aanmerking voor het winkelkeurmerk als zij minimaal 90% biologisch assortiment aanbieden en daarnaast aan specifieke duurzaamheidscriteria voldoen.